Aufgrund einer Schenkung Kaiser Ludwigs des Deutschen von 853 gehörten die drei Kirchen der Fraumünsterabtei in Zürich. Seedorf lag zusammen mit den anderen Gebieten rund um den Urnersee sowie mit Attinghausen und Erstfeld im Sprengel der Altdorfer Kirche. Hier kamen alle an Sonn- und Feiertagen zur Messe zusammen, dahin mussten die Kinder zur Taufe und die Verstorbenen zur Bestattung gebracht werden. Die weite Entfernung und der nicht immer ungefährliche und für junge und alte Leute beschwerliche Kirchweg führten dazu, dass in allen grösseren Siedlungen der Wunsch nach einer Dorfkapelle und einem eigenen Seelsorger wach wurde. Auch die Bewohner von Seedorf verlangten dies und waren bereit, dafür den nötigen finanziellen und politischen Einsatz zu leisten. Die kirchlichen Anfänge sind leider nicht urkundlich überliefert. Die ältesten archäologischen Spuren der Kirche reichen ins 12./13. Jh. zurück. Es ist deshalb nicht abwegig anzunehmen, die Gemeinde habe um 1200, im Zusammenhang mit dem verkehrsmässigen Aufschwung ihr Ziel erreicht und eine eigene Kapelle erbaut. Als Kirchenpatrone wählte Seedorf den heiligen Ulrich und die heilige Verena. St. Ulrich wurde besonders als Patron der Reisenden, der Fischer und des Wassers verehrt, St. Verena galt als Beschützerin der Schiffer und Fischer. Die erste Kapelle mass 10,5 x 6.2 m und schloss mit einer halbrunden Apsis. Sie wurde im 14. Jh. durch ein neues, grösseres Gotteshaus ersetzt. Dieses wies mit 13 x7 m bereits die Breite der heutigen Kirche auf und verfügte über einen rechteckigen Chor und eine Sakristei. Noch im 13. Jh. wurde dem Kirchlein ein Glockenturm beigegeben, der sich bis auf den heutigen Tag erhalten hat und ein eindrücklicher Zeuge für die Tradition der Pfarrei Seedorf ist. Seine rundbogigen Schallarkaden mit den schön geformten Stützsäulen tragen die Formen der Romantik und verleihen dem Turm einen für Uri ausserordentlichen Stellenwert. Seedorf war nun eine Kaplanei von Altdorf. Die Kapläne- ihre Namen sind seit dem ausgehenden Mittelalter bekannt- wohnten zwar noch nicht im Dorf. Aber sie hatten in der Kapelle wöchentlich mehrmals Messe zu lesen und alle Begräbnisse und Jahrzeiten zu halten. Als Entschädigung stand ihnen der Ertrag mehrer Liegenschaften zu. Der verhältnismässig frühe Beginn des kirchlichen Lebens und der Wille zur Unabhängigkeit spricht für die Bedeutung, dass Selbstbewusstsein und die Opferbereitschaft der Gemeinde.